Python · R · Galaxy

Software

Herramientas, flujos de trabajo y tutoriales que desarrollo o mantengo. La mayoría está escrita en Python y R y está disponible abiertamente.

Pipeline

HmtG-PacBio-Pipeline

Flujo de trabajo con aprendizaje automático (autoencoder variacional) que clasifica lecturas mitocondriales PacBio HiFi en haplotipos y especies de parásitos, incluidas infecciones mixtas.

Python
PacBio HiFi
VAE

Documentación →

Flujo de trabajo

PAL2NAL

Alineamiento de secuencias codificantes basado en codones con PAL2NAL.

Alignment
Codons

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Proyecto comunitario

Galaxy · BRC Analytics

BRC Analytics reúne datos genómicos de referencia de patógenos, hospederos y vectores con flujos de trabajo de Galaxy que corren en infraestructura compartida. Desarrollo flujos de trabajo reproducibles de genómica de patógenos para el proyecto.

Galaxy
Workflows
Open science

brc-analytics.org →

Tutoriales y talleres

Tutorial

Macro-evolutionary Pangenomics

Un caso de estudio en Plasmodium de análisis de pangenoma en el clado de parásitos de monos.

Pangenomics
Plasmodium

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Tutorial

Phylogenetic substitution models

Comparación de modelos de máxima verosimilitud en ortopoxvirus.

Maximum likelihood
Phylogenetics

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Taller

Hybrid genome assembly

Ensamblaje híbrido de Leptospira interrogans serovar Copenhageni.

Assembly
Long + short reads

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